Ez a földrajzilag annyira kis kiterjedésű hegy egykor önálló közigazgatással és önálló történelemmel bírt. Lakóinak életét mindenkor befolyásolta a szabad királyi város és a Várhegy történelme.

Történelmét négy szakaszra bonthatjuk:

-  A hegy déli lejtőjén már a római korban villák és szőlők helyezkedtek el a régészeti leletek tanúsága szerint. Ez időbeni elnevezése nem ismert, Solva része volt. A XI. századtól több lakott települést is hordoz hátán.

-  III. Béla uralkodása idején (1172-1196) Lukács érsek, majd a király második felesége Capet Margit kezdi el kialakítani a Becket Szent Tamás kultuszt. Ők alapítják meg a Szent Tamás Hegyfoki Prépostságot és Káptalant. Az elnevezéssel egy időben alapítják meg a Szent Tamás Hegyfoki Prépostságot és Káptalant. Ezt követően a XVI. századig egyértelműen egyházi szerepet töltött be.

-  A harmadik szakaszban, a török hódoltság százötven évében a Szent Tamás-hegy stratégiai elhelyezkedése megpecsételte sorsát. Katonai funkciót töltött be, tetején a prépostság helyén épült egy palánkvár, melynek a törökök a Tepedelen (fejlyukasztó) nevet adták.

-  A békeidők visszatértével új lakók telepednek meg Szenttamáson. A Bazilika építésében közreműködő munkások kapnak itt telkeket, majd zsidó kereskedők telepednek meg a hegy lábánál, és adnak  neki sajátos arculatot – később felépítik ma is álló zsinagógájukat.

1895-ben a négy városrész (Szabad Királyi Város, Szentgyörgymező, Víziváros, Szenttamás) egyesülésével Szenttamás elvesztette önálló történelmét, beolvadt a királyi városba, s annak részeként élt tovább.